1、身份性质不同：公务员身份是行政编，事业单位人员的身份是事业编，行政编的数量占少数部分，事业编则包括教师、医生等数量庞大的群体。
2、职业稳定性不同：公务员不用交失业保险，而事业单位工作人员要交失业保险。同时，事业编实行合同聘用制，签订劳动合同，而同等条件下，公务员则不用签订劳动合同，也就是说当前的制度下，事业编与企业职工一样存在失业的风险。
3、工资待遇不同：公务员有车贴，事业单位没有，有部分地区公务员有年终奖，事业编没有。还有就是事业编制实行绩效工资制，未来改革方向也会向企业的工资管理制度靠拢，个人绩效与工资相挂钩，而公务员不会面临这样的工资变动。
4、职业发展不同：公务员可以提拔晋升，而且当前公务员实行职级过度，工作满一定年限可以享受科级待遇，而事业编只能靠职称涨工资，很多人穷尽一生都是初级职称，与同龄的公务员相比差别很大。
5、考试难易程度不同：公务员考试考申论与行测两门，而部分地区的事业编考试只要考一张试卷，里面融合了申论、行测的内容，但是内容相较于公务员考试要简单些。
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