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【思路】
分析文段，将选项与原文一一对应。
A项：对应首句“把生物群落（动物、植物、微生物）同其生存的非生命环境（大气、水、土壤）……常说的生态系统”，说法正确，排除A项。
B项：对应首句“肉眼察觉不到的物质循环和能量流动”，说法正确，排除B项。
C项：对应第二句“生态系统具有不同的类型和等级”，说法正确，排除C项。
D项：根据“环境不同，生物有别，生态系统也不一样……各种生态系统都有自己特殊的结构和功能”可知，各种生态系统的结构和功能各不相同，故D项说法错误。
因此，答案为D。
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